Lara retorna à Londres mudada pelos eventos em Yamatai – ela está devastada com a culpa pela perda de seu mentor, Roth, e muitos outros do Endurance. A comunidade arqueológica recusou seu relato dos eventos na ilha e também perdeu a confiança sob o controle de sua fortuna, congelando os seus bens. O que Lara vislumbrou abriu seus olhos para um mundo oculto e ela está motivada a descobrir a verdade por trás de tudo.

Dando seguimento à pesquisa de seu pai sobre a alma imortal, Lara é levada à uma montanha remota na Sibéria, onde ela descobre uma antiga cidade perdida. Lara também encontra inimigos perigosos que pretendem encontrar o segredo escondido e enterrado nas vastas tumbas da cidade – e eles matarão qualquer um que estiver no seu caminho. Lara deve correr contra o tempo e usar todas as suas habilidades e ingenuidade para combater estes novos inimigos, sobreviver à elementos severos e desvendar o segredo da Cidade Perdida de Kitej antes que tudo caia nas mãos erradas.